就像保守派一样，当失去了共同的政敌时，变法派内部也随之出现了分裂。这时候，宰相章惇又主张将文彦博以下三十人都流放到岭外。但这个主张刚一提出，就立即遭到中书侍郎李清臣的异议，以为实在是不妥，如果将累朝元老流放，将会使舆论振动，非常不利于朝廷和社会的安定。经过一番激烈的讨论，赵煦采纳了李清臣的建议，重罪数人，其余不再问罪。因为这件事，章惇心里一直耿耿于怀，和李清臣产生了内部矛盾。自此，章惇就开始在背地里找李清臣的麻烦，发动各种人来弹劾李清臣。刚开始赵煦还在想办法维护李清臣，后来弹劾李清臣的人多了，赵煦也就顾忌不了那么多，贬李清臣出任河南府。
此外，张商英与来之劭也发生不和。开封官府曾传出，张商英因为曾派人谋杀过来之劭，才被贬官外出。而御史杨畏在元丰时期是变法派，曾一度依附吕大防。高太后逝世后，他最先主张复新法。左正言孙谔说杨畏是“杨三变”。没过多久，杨畏也落职。孙谔论免役法，主张兼采元丰、元祐时期的政策。蔡京说孙谔想要给元祐大臣申辩。因为此事，孙谔也落得个被罢职的下场。
