蒋介石对这个一贯忠诚的下属一向很关照，此时亲自出面替顾祝同说情，加上顾祝同的人缘好，渐渐的也就没有人再提追究一事了。
但由一个身居要职的国民党实力派变成无所事事的“寓公”，顾祝同一时难以习惯，整天抑郁寡欢，把自己关在家里极少出门，对外说要闭门思过。
就在顾祝同宅在家中苦闷不已时，蒋介石突然打来电话：
“墨三啊，听说你正在‘闭门思过’？”
“是的，总裁。”
“你这样可不行，身体会垮掉的。”
“总裁，我……”
“败退台湾，不是你的责任。你一下子赋闲在家，心里难免不舒服，你要看开些，到处走走，散散心，不要难为自己。等风头过去，自然会交给你一些事情去做。”
听到蒋介石的安慰和开导，顾祝同的心情顿时开朗起来，他颇为感动地说：
“谢谢总裁关心，墨三一定照总裁说的办。”
此后，顾祝同不时外出到朋友家或者以前的下属那里串串门，聊聊天，天气好的时候，也会到台北附近的风景区去走走。
4. 66岁再入决策圈
顾祝同一生不拉帮结派，没有自己的“小圈子”，在国民党中央军政大员中少有顾祝同的同乡、亲戚，加上顾祝同对蒋介石死心塌地，因此蒋介石对他一直信赖与器重。
由于到台之初局势尚未稳定，权力重组尚未明朗，蒋介石为了安抚这些跟随自己飘零过海的高级将领、党政大员，特设“总统府战略顾问委员会”，任命顾祝同为该委员会副主任，主任为何应钦，另一副主任为白崇禧。